10 Tips om å jobbe med pakker i R-dummies

En av de svært attraktive egenskapene til R er at den inneholder en stor samling av tredjeparts pakker (samlinger av funksjoner i et veldefinert format). For å få mest mulig ut av R, må du forstå hvor du skal finne flere pakker, hvordan du laster ned og installerer dem, og hvordan du bruker dem.

Poking rundt kroker og kroker av CRAN

Det omfattende R-arkivnettverket (CRAN) er et nettverk av webservere over hele verden der du kan finne R-kildekoden, R-håndbøker og dokumentasjon og medfølgende pakker.

CRAN er ikke et enkelt nettsted; Det er en samling av webservere, hver med en identisk kopi av all informasjon på CRAN. Dermed kalles hver webserver et speil. Tanken er at du velger speilet som ligger nærmest hvor du befinner deg, noe som reduserer internasjonal eller langdistanse Internett-trafikk. Du finner en liste over CRAN speil her.

Uansett hvilket R-grensesnitt du bruker, kan du permanent lagre ditt foretrukne CRAN-speil (og andre innstillinger) i en spesiell fil som heter. RProfile, plassert i brukerens hjemmekatalog eller R-oppstartskatalogen. For eksempel, for å angi Imperial College, UK-speilet som standard CRAN-speil, inkludere denne linjen i din. RProfile:

alternativer ("repos" = c (CRAN = " // kran. Ma. Imperial. Ac. Uk /"))

Finne interessante pakker

I begynnelsen av 2015, var det mer enn 6 000 pakker på CRAN. Det betyr at å finne en pakke for din oppgave ved hånden kan virke vanskelig.

Heldigvis har en håndfull frivillige eksperter samlet inn noen av de mest brukte pakkene i kuratoriske lister. Disse lister kalles CRAN-oppgavevisninger. Du kan finne oppgaver for empirisk økonomi, statistisk genetikk, maskinlæring, statistisk læring og mange andre fascinerende temaer.

Hver pakke har sin egen nettside på CRAN. På nettsiden for en pakke finner du et sammendrag, informasjon om pakkene som brukes, en kobling til pakkens nettside (hvis et slikt nettsted finnes), og annen nyttig informasjon.

Installere pakker

For å installere en pakke, bruk installasjonen. pakker () funksjon. Denne enkle kommandoen laster ned pakken fra et spesifisert depot (som standard, CRAN) og installerer det på maskinen din: >> installere. pakker ("formuer")

Merk at argumentet for å installere. pakker () er en tegnstreng. Med andre ord, husk sitatene rundt pakkenavnet!

I RGui, så vel som i RStudio finner du en menykommando for å gjøre det samme:

I RGui velger du Pakker → Installer pakke (r).

I RStudio velger du Verktøy → Installer pakker …
Laster inn pakker

For å laste inn en pakke, bruker du funksjonen bibliotek () eller () (). Disse funksjonene er identiske i sine effekter, men de varierer i returverdi:

bibliotek ()

: Returnerer usynlig en liste over pakker som er vedlagt, eller stopper med en feil hvis pakken ikke er på din maskin. krever ()
: Returnerer TRUE hvis pakken var vellykket og FALSE hvis ikke.

R dokumentasjonen antyder at biblioteket () er den foretrukne måten å laste inn pakker i skript, mens krav () er foretrukket innenfor funksjoner og pakker.

Så, etter at du har installert pakkemagasinet, laster du det slik: >> bibliotek ("formuer")

Merk at du ikke trenger å sitere navnet på pakken i bibliotekets argument (), men det er god praksis å alltid sitere pakkenavnet.

Selv om det er mulig å laste ut en pakke i en R-sesjon ved hjelp av løsningen () -funksjonen, er det i praksis vanligvis mye lettere å bare starte opp R-sesjonen.

Les pakkehåndboken og vignetten

Pakkehåndboken er en samling av alle funksjoner og annen pakkedokumentasjon. Du kan få tilgang til håndboken på to måter. Den første måten er å bruke hjelpargumentet til biblioteket () -funksjonen:

>> bibliotek (help = "fortunes")

Den andre måten er å finne håndboken på pakkens nettside. Hvis du peker nettleservinduet til CRAN-siden for formuepakken, vil du legge merke til en lenke til håndboken mot bunnen av siden.

Uansett hvilken tilnærming du velger, er resultatet et PDF-dokument som inneholder pakkehåndboken.

Noen pakkeforfattere skriver også en eller flere

vignetter, dokumenter som illustrerer hvordan du bruker pakken. En vignett viser typisk noen eksempler på hvordan du bruker funksjonene og hvordan du kommer i gang. Det viktigste er at en vignett illustrerer hvordan du bruker pakken med R-kode og utgang, akkurat som denne boken.

For å lese vignetten for formuepakken, prøv følgende: >> vignette ("fortunes") Oppdaterer pakker For å sikre at du har den nyeste versjonen av en pakke, bruk oppdatering. pakker (): >> oppdatering. pakker ()

Denne funksjonen kobles til CRAN (som standard) og kontrollerer om det er oppdateringer for alle pakkene du har installert på maskinen din. Hvis det er det, spør du om du vil oppdatere hver pakke, og deretter laster ned koden og installerer den nye versjonen.

Hvis du legger til oppdatering. pakker (spør = FALSE), R oppdaterer alle utdaterte pakker i gjeldende bibliotekslokal uten å spørre deg. Du kan også fortelle oppdateringen. pakker () for å se på et repository annet enn CRAN ved å endre repos-argumentet. Hvis repos-argumentet peker på en fil på maskinen din (eller nettverket), installerer R pakken fra denne filen.

Både RGui og RStudio har menyalternativer som lar deg oppdatere pakkene:

I RGui velger du Pakker → Oppdater pakke (r).

I RStudio velger du Verktøy → Sjekk etter oppdateringer av pakker …

Begge programmene lar deg grafisk velge pakker som skal oppdateres.

Forsinket med R-Forge

Selv om det ikke er helt sant, har pakker på CRAN en tendens til å ha et minimums løpetid.

Så hvor bor pakkene som er i utviklingssyklusen? Ofte bor de hos R-Forge. R-Forge gir utviklere en plattform for å utvikle og teste sine R-pakker. For eksempel tilbyr R-Forge

Et bygge- og kontrollsystem på Windows og Linux-operativsystemer (Mac OSX støttes ikke)

Versjonskontroll

Feilsøkingssystemer

Sikkerhetskopiering og administrasjon

For å installere et prosjekt fra R-Forge, bruker du også installasjonen. pakker () -funksjonen, men du må spesifisere repos-argumentet. For eksempel, for å installere utviklingsversjonen av pakkedataene. tabell, prøv følgende:

>> installere. pakker ("data. table", repos = " // R-Forge. R-prosjekt. org")
Selv om R-Forge ikke har et bygge- og kontrollsystem for Mac OSX spesielt, kan Mac-brukere installer og bruk pakker fra R-Forge ved å installere kilden. Du finner mer informasjon i Vanlige spørsmål om Mac.
Få pakker fra github
I de senere årene har mange utviklere begynt å bruke github som et kodeutviklingssted. Selv om github ikke tilbyr noen av de R-spesifikke egenskapene til CRAN eller R-Forge, er det noen ganger enklere å dele koden ved å bruke github. Så du kan av og til få instruksjoner om å installere en pakke direkte fra github.

På Linux- og Mac OSX-operativsystemene er installasjon av pakker fra github relativt enkelt. Men på Windows må du også først installere RTools (et sett med kompilatorer og andre verktøy for å bygge pakker fra kilde). For å installere RTools på en Windows-maskin, følg instruksjonene nøye.

Ledende installasjoner fra BioConductor

BioConductor er et lager av R-pakker og programvare, en samling verktøy som spesialiserer seg på analyse av genomiske og relaterte data.

BioConductor har sine egne sett med regler for utviklere. For eksempel, for å installere en pakke fra BioConductor må du kilde et skript fra sin server: >> kilde (" // bioconductor. Org / biocLite. R")

Så kan du bruke biocLite () Funksjon for å installere pakker fra BioConductor. Hvis du ikke gir et argument, installerer du bare de nødvendige basepakkene fra BioConductor-prosjektet.

BioConductor bruker mye objektorienteringsprogrammering med S4-klasser.

Lese R-håndboken